ふるさと納税はワンストップと確定申告どっちが得？確定申告したらワンストップは無効？6自治体以上・医療費控除と一緒のときのやり方【2026年版】

この2つは、選ぶというより、状況で決まる面があります。しかも間違えると控除がもれることもあるので、不安になりますよね。

この記事では、ワンストップ特例と確定申告の違い、確定申告をしたときの注意、6自治体以上に寄附したときの手続きをまとめました。

この記事の制度は、2026年11月14日に国税庁・総務省の公表資料で確認しています。2026年中に寄附した分（2027年に申告）を前提にしています。

ワンストップ特例とは？使える人の条件

ワンストップ特例は、確定申告をしなくても、ふるさと納税の控除を受けられる制度です。寄附した自治体に申請書を出すだけで、控除は翌年度の住民税から差し引かれます。

国税庁・総務省の案内では、使える人の条件は次の2つ（暦年の数え方は総務省のFAQによる）

申請書は、寄附した自治体ごとに出します。数えるのは団体の数なので、同じ自治体への寄附は1団体として考えるのが一般的です。

ワンストップ特例の控除は、住民税から受ける形。所得税の還付という形では戻ってきません。

ワンストップ特例と確定申告、どっちが得？

控除される合計額は同じです。国税庁の計算では、寄附額から2,000円を引いた額が、所得税と住民税の合計で控除されます。上限の範囲内なら、どちらを選んでも自己負担は2,000円。

上限は、所得控除が総所得金額等の40%まで、住民税の特例分が所得割額の20%まで（国税庁 No.1155）

上限を超えた寄附は、どちらの方法でも2,000円では済みません。

違いは次のとおり。

	ワンストップ特例	確定申告
手続き先	寄附した自治体（自治体ごと）	税務署（e-Taxも可）
控除の受け方	住民税から全額	所得税の還付と住民税の控除
寄附先の数	5自治体以内	制限なし
医療費控除など	一緒に使えない	一緒に申告できる

所得税は、寄附額から2,000円を引いた額が、そのまま所得控除になります。税率をかけた分が還付されます。残りは住民税で控除。ワンストップ特例は、この全額を住民税から差し引く形になります。

つまり、上限内ならお得さは変わらず、手間とタイミングが違うだけ。ほかに確定申告する理由がない会社員なら、ワンストップが楽です。

年収と控除から、住民税がいくらになるかは、計算ツールで確かめられます。

確定申告したら、ワンストップ特例は無効になる？

なります。確定申告をした年は、ワンストップ特例の申請は無効です。東京国税局のページにも、確定申告をする場合はワンストップ特例の手続きが無効になると書かれています。

申請書を出していても、同じ扱い。確定申告書に、その寄附も書かなければ控除されません。

ワンストップ特例が使えなくなる場面は、ほかにもあります。総務省の資料（2016年）では、次のとおり。

6自治体以上に寄附したら、どうなる？

6自治体以上に寄附したら、確定申告が必要です。ワンストップ特例は5団体以内が条件で、1団体でも超えると、ワンストップ特例は使えなくなります。

流れはシンプル。寄附のたびに届く寄附金受領証明書を、すべて集めるところから始めます。

5自治体以内に収まるよう、同じ自治体へまとめて寄附する手もあります。返礼品を分散して選びたいなら、確定申告のほうが楽ですよ。

医療費控除と一緒に申告するときの書き方

医療費控除などで確定申告をする人は、ふるさと納税も確定申告に含めます。国税庁の案内では、確定申告書の第二表に、次の2か所を書きます。

住民税の欄に書き忘れると、住民税で控除されないことがあります。所得税の確定申告書は、個人住民税の申告書を兼ねているからです。

確定申告書等作成コーナーなら、画面の案内に沿って入力するだけ。手書きのときは、2か所目の書き忘れに気をつけましょう。

医療費控除そのものの計算は、別の記事で解説する予定です。

ワンストップ特例の期限と、間に合わなかったとき

ワンストップ特例の申請書は、寄附した年の翌年1月10日までに自治体へ届く必要があります。2026年の寄附分は、2027年1月10日必着が一般的。

マイナンバーカードを使ったオンライン申請に対応する自治体もあります。締め切りなどは自治体ごとに違うので、寄附先の案内を見ておきましょう。

期限に間に合わなくても、確定申告をすれば控除を受けられます。確定申告の期限は、原則として翌年3月15日です。2026年の寄附なら、2027年3月15日までに申告します。

還付申告は、翌年1月1日から5年間提出できます（国税庁 No.2030）

ふるさと納税の控除がもれていたら、あとから申告できます。

ワンストップ特例の申請書を出したあと、確定申告をしたときの自治体への連絡は、寄附先の案内で確認してください。

ワンストップを出したのに、確定申告で控除を書かなかったとき

国税庁によると、ワンストップ特例を出した人が、誤って寄附金控除を受けずに確定申告した場合は、更正の請求で控除を受けられます。

ただし、控除しても最終的な税額が変わらないときは、更正の請求はできません。この場合は、住んでいる市区町村に相談する流れです。

結局、どっちにする？ケース別の選び方

あなたの状況	選び方
会社員で、ほかに確定申告する理由がない。寄附先は5自治体以内	ワンストップ特例
医療費控除・住宅ローン控除の初年度などで確定申告をする	確定申告（ふるさと納税も入れる）
副業の所得が20万円を超える、2か所から給与をもらっている	確定申告（ふるさと納税も入れる）
寄附先が6自治体以上	確定申告
ワンストップ特例の期限に間に合わなかった	確定申告（3月15日まで）

医療費控除や住宅ローン控除の初年度に当たる年は、確定申告にまとめると覚えておけば、まちがいにくいです。自分に確定申告が必要かどうかは、別の記事の診断ツールで調べられます。

会社の給料以外の収入の入り口として、副業という選択肢もあります。本業を続けたまま始められるので、気になる方はこちらを。

ふるさと納税の確定申告のよくある質問

最後に、よく聞かれる疑問をまとめました。迷ったら、確定申告にまとめるのが確実です。

ワンストップ特例を出して、あとから確定申告もしたらどうなりますか？

ワンストップ特例は無効になります。確定申告書に、ふるさと納税の寄附もすべて書く必要があります。書かないと、控除がもれます。

ワンストップ特例は5団体までですか、5回までですか？

5団体（5つの自治体）までです。同じ自治体への寄附は、1団体として考えるのが一般的です。

ワンストップ特例の申請書を出したあとに、引っ越したらどうなりますか？

申請書の記載事項が変わったときは、翌年1月10日までに申請先の自治体へ届け出れば、特例が適用されます。届出がないと適用されません。

確定申告が不要な会社員は、確定申告をしてもいいですか？

できます。ふるさと納税の控除を確定申告で受けるのは自由です。ただし、ワンストップ特例の申請は無効になるので、寄附をすべて書きましょう。

期限を過ぎてしまいました。控除は受けられませんか？

確定申告をすれば受けられます。期限後の還付申告も、翌年1月1日から5年間出せます。

自分が確定申告しないといけないかは、こちらの診断ツールで確かめられます。

まとめ

控除額はどちらでも同じ。確定申告をする人は、ふるさと納税も含めて確定申告をする。それが一番まちがいの少ない考え方です。

会社員の源泉徴収票の見方も、控除を考えるときに役立ちます。